| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 检测平台 | Q Exactive HF-X 高分辨质谱 · 正负离子切换采集 |
| 鉴定策略 | 公共数据库与自建库双重比对，覆盖极性与非极性代谢物 |
| 适用基质 | 血液（血清 / 血浆）· 组织 · 细胞 · 尿液及其他基质 |
| 差异物筛选 | 默认 FC ≥ 1.5 且 p < 0.05；或 VIP ≥ 1 且 q ≤ 0.05（按置换检验结果自动选择策略） |
| 分析模块 | 核心方法与指标 | 主要产出图表 |
|---|---|---|
| 数据预处理 | Compound Discoverer 峰提取、保留时间校正与峰对齐；TIC 归一化、缺失值过滤与填充、pareto 标准化 | 代谢物特征定量矩阵 |
| 质量控制 | 整体 PCA / PLS-DA、QC 样本相关性（普遍 > 0.99）与配对图、样本强度分布箱线图、HMDB 三级分类统计 | 质控图组、分类统计表 |
| 单变量统计 | 差异倍数 FC；Welch t 检验 / Wilcoxon 检验；BH 法校正得到 padj | 火山图、火山图（分类版）、全代谢物统计表 |
| 多元统计 | PCA / PLS-DA / OPLS-DA 建模；200 次置换检验；VIP 贡献度计算 | 得分图、置换检验图、VIP Top25 条形图 |
| 差异物筛选 | 默认 FC ≥ 1.5 且 p < 0.05；或 VIP ≥ 1 且 q ≤ 0.05（按置换检验结果自动选择策略） | 差异代谢物列表、上下调数量统计 |
| 表达分析 | 层次聚类；Top 50 显著性代谢物复杂热图；丰度分析；Spearman 相关性；Z-score 归一化 | 聚类热图、相关性图、丰度图 |
| 功能注释 | KEGG Level 1–3 注释与富集；桑基图、差异丰度评分（DA Score）、Pathway Impact 拓扑分析、弦图 / 环形图 / 调控网络 | KEGG 富集图组与结果表 |
| HMDB / SMPDB | 人类代谢组数据库与小分子通路库富集；单代谢物通路分析；通路-代谢物网络 | SMPDB 富集图组与结果表 |
| 疾病与标志物 | 代谢物-疾病关联富集；ROC 曲线与 AUC 排名；多比较组时增加差异代谢物韦恩图交叠分析 | ROC 图、AUC 排名表、韦恩图 |
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