| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 测序平台 | Illumina MiSeq PE250（16S / 18S / ITS） |
| 分析策略 | OTU / ASV 分析，5 万条 reads / 样本 |
| 物种注释库 | RDP classifier 贝叶斯算法；参考库 Silva 138（16S / 18S）、Unite 7.0（ITS）；域—种 7 级群落组成统计 |
| 功能预测 | PICRUSt2 由标记基因预测功能丰度（KEGG 同源基因 KO、EC 酶分类） |
| 常规交付 | 原始数据 + 分析报告 |
| 分析模块 | 核心方法与指标 | 主要产出图表 |
|---|---|---|
| 数据质控 | PE reads 按 overlap 关系拼接；序列质控与过滤后区分样本，进入聚类 / 去噪与物种分类学分析 | 数据过滤统计表、碱基质量分布图 |
| OTU 聚类 | 提取非重复序列并去除单序列；按 97% 相似度聚类 OTU，聚类过程中去除嵌合体 | OTU 丰度表、带注释 OTU 表、分类单元统计表 |
| 物种注释 | RDP classifier 贝叶斯算法分类学注释；参考库 Silva 138（16S / 18S）、Unite 7.0（ITS）；域 / 界 / 门 / 纲 / 目 / 科 / 属 / 种 7 级群落组成统计 | 各分类层级绝对 / 相对丰度表 |
| 物种组成 | 组间共有与特有 OTU 统计；各分类水平群落 Bar 图；丰度 Heatmap 并对物种与样本双向聚类 | Venn 图、群落 Bar 图、Heatmap 图 |
| Alpha 多样性 | 丰富度 Chao1 / Ace，多样性 Shannon / Simpson，均匀度 Pielou，系统发育 PD，测序深度 Coverage；稀释曲线、Shannon-Wiener 曲线、Rank-abundance 曲线 | 三条曲线图、指数组间箱线图与检验表 |
| Beta 多样性 | 样本间距离矩阵（Bray-Curtis / Jaccard / Unifrac）；层次聚类 UPGMA；PCA / PCoA / NMDS 排序；ANOSIM / adonis 组间差异检验 | 距离矩阵热图、聚类树、PCA / PCoA / NMDS 图 |
| 物种差异分析 | LEfSe 线性判别效应大小分析（LDA 值）；两组 Wilcoxon 秩和检验、多组 Kruskal 检验，筛数组间显著富集物种 | LEfSe 分支图、LDA 条形图、差异检验表 |
| 功能预测 | PICRUSt2 由标记基因预测功能丰度（KEGG 同源基因 KO、EC 酶分类）；功能单元 PCoA；KEGG / MetaCyc 通路 LEfSe 与 MetagenomeSeq 差异分析 | 功能丰度表、功能 PCoA 图、通路 LEfSe 图 |
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