| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 测序数据量 | 6 G / 10G |
| 序列组装 | MEGAHIT（succinct de Bruijn graph）拼接获得 contigs，统计 N50、contig 数量与长度分布 |
| 基因预测 | Prodigal 预测原核与宏基因组开放阅读框，输出基因序列、蛋白序列与 GFF 文件 |
| 非冗余基因集 | MMseqs2 cluster 按相似度 95%、对齐区域覆盖度 90% 去冗余；Bowtie2 比对统计基因丰度 |
| 物种与功能注释 | DIAMOND 比对 NCBI-NR 获得物种注释；GO、KEGG、COG、CAZy、CARD 五库功能注释（含抗生素抗性 ARO） |
| 分析模块 | 核心方法与指标 | 主要产出图表 |
|---|---|---|
| 测序数据统计 | 原始数据 fastq（R1 / R2）统计数据量、reads 数、碱基数与 Q20 / Q30、GC 含量；剪切 adapter 与质量过滤后统计碱基保有率 | 原始数据与优化数据统计表、碱基质量与含量分布图 |
| 序列组装 | MEGAHIT（succinct de Bruijn graph）对各样本有效序列拼接获得 contigs，统计 N50、contig 数量与长度分布 | 组装结果统计表、长度分布图 |
| 基因预测 | Prodigal 预测原核与宏基因组开放阅读框，识别编码区域，输出基因序列、蛋白序列与 GFF 文件 | 基因序列文件、蛋白序列文件、GFF |
| 非冗余基因集 | MMseqs2 cluster 按相似度 95%、对齐区域覆盖度 90% 去冗余；Bowtie2 将各样本有效序列比对至基因集统计基因丰度 | 非冗余基因集、基因丰度表 |
| 物种与功能注释 | DIAMOND 比对 NCBI-NR 获得物种注释并在域—种层级计算丰度；GO、KEGG、COG、CAZy、CARD 五库功能注释（含抗生素抗性 ARO） | 注释汇总表、各数据库层级丰度表 |
| 组成分析 | 物种（Species / Genus / Family 等）与功能（KO / COG / CAZy / ARO / GO / Pathway）层级的 Venn、群落 Bar 图与丰度 Heatmap | Venn 图、群落 Bar 图、Heatmap 图 |
| 多样性分析 | Alpha 多样性指数与组间差异箱线图；Beta 多样性的样本间距离矩阵、层次聚类、PCA / PCoA / NMDS 排序与 ANOSIM 组间检验 | 指数箱线图、PCA / PCoA / NMDS 图、ANOSIM 图 |
| 差异分析 | 物种与功能层级的 LEfSe 线性判别分析（LDA）；组间 Wilcoxon 秩和检验筛选差异物种与差异功能单元 | LEfSe 图、LDA 条形图、差异检验表 |
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