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实验流程

多组学实验涵盖样本处理、文库构建、上机检测、数据质控四大核心环节

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本文要点
  • 核对样本编号、名称、数量是否与委托单一致
  • 检查干冰剩余量(应 ≥ 原量 50%)
  • 观察样本是否完全冻存(避免半融状态)
  • 拍照留档,系统登记入库时间
  • 将样本转移至 -80℃ 冰箱指定位置

01整体实验流程概览

多组学实验涵盖样本处理、文库构建、上机检测、数据质控四大核心环节

样本接收

干冰签收、样本登记、外观核查

样本 QC

浓度测定、完整性评估、质控报告

样本分装

按组学类型分装、标记、入库冻存

文库构建

RNA / DNA / 蛋白 / 代谢物提取

文库质控

片段分布、浓度精确定量

上机测序 / 质谱

Illumina / PacBio / Orbitrap / timsTOF

实时 QC

上机过程中实时监控数据质量

数据交付

原始数据、分析结果、报告文档

售后支持

数据解读、文章投稿技术支持

02详细操作流程

第一步 | 样本接收与登记

收到样本后,技术员在 30 分钟内完成以下操作:

  • 核对样本编号、名称、数量是否与委托单一致
  • 检查干冰剩余量(应 ≥ 原量 50%)
  • 观察样本是否完全冻存(避免半融状态)
  • 拍照留档,系统登记入库时间
  • 将样本转移至 -80℃ 冰箱指定位置

第二步 | 样本质量检测(QC)

不同组学对样本质量的要求不同,所有样本必须经过 QC 合格后方可进入下一级实验:

  • 基因组 / 表观组:Nanodrop 测定 A260/280(1.8–2.0),Agilent Tapestation 检测 DNA 完整性
  • 转录组:Agilent Bioanalyzer 测定 RIN 值(要求 ≥ 7.0)
  • 蛋白质组:BCA 法测定蛋白浓度,1D SDS-PAGE 检测降解
  • 代谢组:目测样本状态,记录溶血/脂血情况

QC 不合格样本将立即通知客户,协商解决方案(补寄 / 调整实验方案)。

第三步 | 核酸 / 蛋白 / 代谢物提取

根据组学类型选择合适的提取试剂盒和实验方案:

  • DNA 提取:Qiagen DNeasy / MagAttract 磁珠法(高通量)
  • RNA 提取:Qiagen RNeasy / Norgen 体液 RNA 提取 kit
  • 蛋白提取:SDT 裂解液 / 尿素裂解液,超声破碎
  • 代谢物提取:预冷甲醇:乙腈:水(2:2:1)沉淀蛋白法

提取后再次测定浓度和完整性,确保进入文库构建环节的样本质量达标。

第四步 | 文库构建(测序样本)

针对不同测序类型,采用相应的文库构建方案:

  • WGS 文库:Illumina TruSeq DNA PCR-Free 或 Nextera Flex
  • RNA-seq 文库:Illumina TruSeq Stranded mRNA / Illumina Stranded Total RNA
  • scRNA-seq 文库:10x Genomics Chromium 平台
  • ATAC-seq 文库:Transposase 转座酶 tagmentation 方案

文库构建完成后,使用 Agilent Tapestation / Bioanalyzer 检测片段分布,Qubit 精确定量,合格文库进入 Pooling 环节。

第五步 | 上机测序 / 质谱检测

根据实验设计选择的平台进行数据采集:

  • Illumina NGS:NovaSeq X Plus / NovaSeq 6000,PE150 模式
  • PacBio TGS:Revio 系统,HiFi 模式
  • LC-MS/MS(蛋白):Thermo Orbitrap Astral / timsTOF HT,DIA 模式
  • LC-MS/MS(代谢):Thermo QE HF-X / ZenoTOF 7600,非靶向 + 靶向

上机过程中实时监测:测序 Q30 比例、质谱 MS1/MS2 分辨率、保留时间稳定性等指标。

第六步 | 数据分析与报告撰写

原始数据经过标准生信流程分析,最终交付:

  • 原始数据文件(FASTQ / RAW / WIFF)
  • 标准分析报告(PDF + 可编辑图表)
  • 发表级矢量图源文件(AI / SVG)
  • OmicsHub 云平台交互式分析报告

03各环节质控标准

在每个关键环节均设有严格的质控标准,确保最终数据质量

基因组学 QC

A260/280: 1.8–2.0

DNA 完整性:无明显的降解条带;没有蛋白 / RNA 污染;测序 Q30 ≥ 85%。

转录组学 QC

RIN ≥ 7.0

28S/18S ≥ 1.5;RNA 浓度 ≥ 500 ng(WTS);测序 Q30 ≥ 90%;比对率 ≥ 70%。

蛋白质组学 QC

蛋白 ≥ 0.5 μg/μL

1D 胶无降解条带;MS 分辨率 ≥ 120,000(Orbitrap);鉴定蛋白数 ≥ 目标值。

代谢组学 QC

QC 样本 RSD < 15%

QC 混合池连续进样,代谢物峰面积 RSD < 15%;保留时间偏移 < 1 秒。

04实验周期参考

标准流程周期

  • 基因组学(WGS):约 15–20 工作日
  • 转录组学(RNA-seq):约 13–17 工作日
  • 蛋白质组学(DIA):约 15–20 工作日
  • 代谢组学(LC-MS):约 15–20 工作日
  • 多组学整合分析:约 20–30 工作日(视数据复杂度而定)

加急服务

  • 优先上机:支付加急费后可插队提前上机,周期缩短 30–50%
  • 并行分析:多个组学同时提取、同时上机,大幅缩短总周期
  • 快速分析:标准分析可在 3 个工作日内完成(需提前预约)
  • 预决算:提供项目周期预决算服务,明确各节点完成时间
  • 加急服务详情请咨询技术支持

Q&A常见问题

样本寄到你们那边,第一步做什么?
技术员会在 30 分钟内完成接收:核对样本编号、名称和数量是否与委托单一致,确认样本完全冻存,拍照留档并登记入库时间,随后转移至 -80℃ 冰箱。
干冰到货只剩一半,样本还能用吗?
收货时会检查干冰剩余量,应不低于原量的 50%;同时要确认样本完全冻存、没有半融状态。
RNA 样本 RIN 值多少才算合格?
转录组样本用 Agilent Bioanalyzer 测 RIN 值,要求 ≥ 7.0;另外还要求 28S/18S ≥ 1.5、RNA 浓度 ≥ 500 ng(WTS)。
样本 QC 没通过会怎么处理?
所有样本必须 QC 合格才能进入下一级实验;不合格会立即通知客户,协商补寄或调整实验方案。
从寄样到拿到数据要多久?
WGS 约 15–20 工作日,RNA-seq 约 13–17 工作日,蛋白质组(DIA)与代谢组(LC-MS)约 15–20 工作日,多组学整合约 20–30 工作日。
电话咨询:400-660-8826
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