| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 建库方式 | Oligo(dT) 磁珠富集 mRNA 建库 |
| 序列比对 | STAR 将优化数据比对至参考基因组；从比对效率、片段长度、覆盖均一度评估测序与建库质量 |
| 表达定量 | 按注释文件定量基因 / 转录本表达，输出 Count、FPKM、TPM、log2TPM 多口径表达量 |
| 差异分析阈值 | read count 标准化（测序深度校正）→ 统计模型计算 P value → BH 校正得到 padj；默认 |log2(FoldChange)| > 1 且 padj < 0.05 |
| 常规交付 | 原始数据 + 分析报告 |
| 分析模块 | 核心方法与指标 | 主要产出图表 |
|---|---|---|
| 测序数据统计 | 原始数据 fastq（R1 / R2）碱基质量与含量分布；剪切 3′ / 5′ 端 adapter，过滤平均质量值 < 20 与长度 < 50 bp 的 reads，剔除含 N reads；评估 rRNA 污染率 | 原始数据与优化数据统计表、碱基质量与含量分布图 |
| 比对质控 | STAR 将优化数据比对至参考基因组；从比对效率、片段长度、覆盖均一度等把控点评估测序与建库质量 | 比对效率统计表、样本比对详情图 |
| mRNA 定量 | 按注释文件定量基因 / 转录本表达，输出 Count、FPKM、TPM、log2TPM 多口径表达量；统计高表达转录本 Top10 | 表达量矩阵、Top10 表达量表 |
| 表达分布与质控 | 表达量密度分布；样本表达量小提琴图 / 箱型图；样本间 Pearson 相关性热图（组内重复理想 R² > 0.9）与 PCA 降维 | 密度分布图、小提琴 / 箱型图、相关性热图、PCA 图 |
| 差异分析 | read count 标准化（测序深度校正）→ 统计模型计算 P value → BH 多重假设检验校正得到 padj；默认 |log2(FoldChange)| > 1 且 padj < 0.05 | 差异分析结果表、火山图 |
| 差异表达模式 | 差异基因表达模式聚类；多比较组间共有与特有差异基因统计 | 表达模式聚类热图、组间共有差异基因图 |
| GO 功能富集 | 差异基因 GO 富集（BP / CC / MF），输出 GeneRatio / BgRatio、富集因子与校正 p 值 | GO 富集气泡图与柱状图 |
| KEGG 与 GSEA | 差异基因 KEGG 通路富集；分别基于 GO 与 KEGG 的 GSEA 分析，输出富集打分 ES、标准化打分 NES 与校正 p 值 | KEGG 富集图、GSEA 富集图与点状图 |
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