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工具与资源
本文覆盖：公共数据库 · 分析软件 · 在线分析平台 · 学习资源 · 分析报告模板。
方法学说明文档 · 内容可直接引用
本文要点
- MetaboAnalyst 在线代谢组学数据分析平台，支持统计分析和通路富集
- Galaxy 开源 Web 平台，支持多种组学分析工作流
- OmicsHub Gereallife 自研云平台，交互式多组学分析报告
01公共数据库
| 数据库 | 类型 | 内容描述 | 网址 |
|---|---|---|---|
| HMDB | 代谢组学 | 人类代谢组数据库，含 22万+代谢物信息 | hmdb.ca |
| KEGG | 通路数据库 | 代谢通路、信号通路、疾病通路 | genome.jp/kegg |
| UniProt | 蛋白质数据库 | 蛋白序列、功能、修饰信息 | uniprot.org |
| MetaboLights | 代谢组学 | 代谢组学原始数据与元数据存储库 | ebi.ac.uk/metabolights |
| PRIDE | 蛋白质组学 | 蛋白质组学质谱数据存储库 | ebi.ac.uk/pride |
| GEO / SRA | 转录组/基因组 | 基因表达与测序数据公共存储库 | ncbi.nlm.nih.gov/geo |
| STRING | 蛋白互作 | 蛋白-蛋白互作网络数据库 | string-db.org |
| Reactome | 通路数据库 | 人工注释的生物通路数据库 | reactome.org |
02分析软件
综合平台
- MetaboAnalyst 在线代谢组学数据分析平台，支持统计分析和通路富集
- Galaxy 开源 Web 平台，支持多种组学分析工作流
- OmicsHub Gereallife 自研云平台，交互式多组学分析报告
R/Bioconductor 包
- edgeR / DESeq2 转录组差异表达分析标准工具
- limma 芯片与 RNA-seq 线性模型差异分析
- clusterProfiler GO/KEGG 富集分析与可视化
多组学整合工具
- mixOmics / DIABLO 多组学整合与分类模型构建
- MOFA2 多模态因子分析，挖掘共变异模式
- WGCNA 加权基因共表达网络分析
03在线分析平台
Galaxy EU
欧洲 Galaxy 主站，集成 8000+ 生信分析工具，支持拖拽式工作流构建。
MetaboAnalyst
代谢组学一站式在线分析，涵盖数据处理、统计检验、通路富集与可视化。
iDEP
转录组交互式数据分析平台，点击即可完成差异分析、聚类与富集。
04学习资源
入门教程
Bioconductor 官方教程、Galaxy Training Network、Coursera 生物信息学专项课程
参考书籍
《Bioinformatics Data Skills》、《Modern Statistics for Modern Biology》、《Computational Genomics with R》
期刊资源
Nature Methods、Bioinformatics、Nucleic Acids Research、Briefings in Bioinformatics
开源社区
Biostars 问答社区、SEQanswers 论坛、GitHub 开源项目
05分析报告模板
转录组标准报告
QC报告 差异基因列表 火山图 热图 GO/KEGG富集
蛋白质组标准报告
鉴定统计 差异蛋白列表 火山图 PPI网络 功能注释
代谢组标准报告
代谢物鉴定 差异代谢物 PLS-DA得分图 通路气泡图
多组学整合报告
跨组学相关分析 DIABLO模型 整合网络 生物学解读
Q&A常见问题
不会写代码，能靠拖拽把 RNA-seq 流程跑起来吗？
可以看 Galaxy，它是开源 Web 平台，支持多种组学分析工作流；Galaxy EU 是欧洲主站，集成 8000+ 生信分析工具，支持拖拽式工作流构建。
想确认一个代谢物属于哪条通路，该去哪个库查？
KEGG 是通路数据库，收录代谢通路、信号通路和疾病通路；如果更看重人工注释，Reactome 是人工注释的生物通路数据库。
差异基因跑出来以后，做 GO/KEGG 富集用什么工具？
R 里常用 clusterProfiler 做 GO/KEGG 富集分析与可视化；上游的转录组差异表达分析标准工具是 edgeR / DESeq2。
手上同时有代谢组和蛋白组，想把两组数据放在一起建模，用什么？
mixOmics / DIABLO 用于多组学整合与分类模型构建；只想看共变异模式的话，MOFA2 做多模态因子分析。
