技术资源 · How to Choose a Metabolomics Provider
代谢组学服务商怎么选
选择代谢组学服务商时，价格与"能测多少种代谢物"都不是首要判断依据。真正决定项目成败的是：平台配置与分析策略是否匹配你的科学问题、质控是否可追溯、以及结果能不能被审稿人接受。本文给出一份可直接执行的评估清单。
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本文要点
- 先定科学问题，再选技术路线：非靶向用于发现，靶向用于验证，代谢流用机制
- 质控三件套：QC 样本、空白、内标；缺一项，数据在审稿时很难解释
- 问清定性依据：数据库匹配、标准品保留时间、二级碎片，三者权重不同
- 交付物要看原始数据：是否给 mzML/raw、原始峰面积，而不只是"已归一化"的表格
01一、先明确你的科学问题属于哪一类
| 你的目标 | 合适的技术路线 | 不该选的方案 |
|---|---|---|
| 筛出差异代谢物，形成假设 | 非靶向代谢组学（UHPLC-Q-TOF 或 Orbitrap 全扫描） | 直接上靶向 panel（只能看到你已知的东西） |
| 验证 10–50 个已知指标的定量差异 | 靶向代谢组学（MRM，标准曲线定量） | 非靶向的相对峰面积当定量结论 |
| 判断某条通路是否被真实"打开/关闭" | 代谢流 / 同位素示踪（13C、15N 标记） | 只看静态浓度变化（区分不出通量变化） |
| 跨 13 类代谢物的广覆盖筛查 | 广泛靶向（大 panel + MRM 验证） | 只做单一类别的 panel |
| 脂类结构（酰基链、双键位置） | 脂质组学（可加 CCS/离子淌度） | 常规反相 C18 非靶向 |
02二、看质控，不看宣传页
任何一家都能给你看漂亮的 PCA 图。要判断数据质量，直接问这四个问题：
- 每批样本里放了多少个 QC 样本？QC 的 RSD 分布是多少（目标：70% 以上代谢物 RSD < 30%）？
- 有没有空白样本（blank）与试剂空白？用于扣除背景与判断污染。
- 内标是同位素内标还是结构类似物？加在内标在提取前还是提取后？
- 样本前处理到上机之间隔多久？是否记录冻融次数？
这四问如果对方答得含糊，说明质控流程不是标准化的，后续数据在审稿时容易被质疑。
03三、定性凭什么
| 定性级别 | 依据 | 可信度 | 适用 |
|---|---|---|---|
| Level 1 | 标准品：保留时间 + 二级质谱完全一致 | 最高 | 靶向定量、标志物确证 |
| Level 2 | 数据库二级谱匹配（如 GNPS、HMDB、MassBank） | 较高 | 非靶向差异代谢物注释 |
| Level 3 | 仅精确质量数 + 同位素分布 | 低 | 只能算"候选"，不能写进结论 |
要求服务商在报告里标注每个代谢物的定性级别。只给"名称 + 打分"而不给依据的报告，无法用于投稿。
04四、交付物清单（写进合同）
- 原始数据：mzML 或仪器 raw 文件，样品与文件一一对应
- 原始峰面积矩阵（未归一化），以及归一化方法与参数
- QC 报告：RSD 分布、PCA、批次效应评估
- 定性表：代谢物名称、m/z、保留时间、加合物形式、定性级别、匹配分数
- 分析代码或流程版本（可复现性）
- 生物学解释：通路富集（KEGG/HMDB）与统计方法说明
05五、Gereallife 怎么做
Gereallife（上海天济睿生物科技有限公司）提供液相色谱-质谱与测序平台的多组学检测服务，覆盖非靶向/靶向/广泛靶向代谢组学、脂质组学、代谢流同位素示踪、蛋白组学与测序。质控采用 QC + 空白 + 同位素内标流程，交付原始数据与未归一化峰面积，定性结果标注依据。
- 需要方案设计：可先做免费的技术路线评估（说明目标、样本类型与数量）
- 需要验证：靶向 MRM 与标准曲线定量
- 需要机制：13C 标记 + 代谢流计算
Q&A常见问题
非靶向和靶向可以同时做吗？
可以，而且推荐：先用非靶向（同一批样本）发现差异，再针对差异代谢物做靶向定量验证。前提是两次检测用同一批样本、同一套提取方法。
样本量多少才够？
取决于效应大小与变异度。细胞/动物实验通常每组 ≥ 6–8 个生物学重复；人群研究按研究设计与预期效应计算，不能只凭"经验值"。
代谢组学能直接给出机制结论吗？
不能。代谢组给出的是"差异与关联"，机制需要代谢流、同位素示踪或功能实验来支撑。把相关性写成因果是常见的审稿雷区。
