16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱

기술 사양

TECHNICAL SPECIFICATIONS

Item	Details
Sequencing Platform	Illumina MiSeq PE250（16S / 18S / ITS）
Analysis Strategy	OTU / ASV analysis, 50,000 reads per sample
Taxonomy Databases	RDP classifier Bayesian algorithm; reference databases Silva 138 (16S/18S) and Unite 7.0 (ITS); community composition statistics across 7 ranks (domain to species)
Functional Prediction	PICRUSt2 predicts functional abundance from marker genes (KEGG orthologs KO, EC enzyme classes)
Standard Delivery	Raw data + analysis report

분석 프로세스

ANALYSIS WORKFLOW

데이터 QC

PE 병합 · 필터링

OTU 클러스터링

중복 제거 · 키메라 제거

분류학적 주석

RDP · Silva 138

조성 분석

벤 · 막대 · 히트맵

알파 다양성

희박화 · 지수

베타 다양성

PCoA · NMDS

차등 분류군

LEfSe · 순위합 검정

기능 예측

PICRUSt2 · KEGG

생물정보 분석

BIOINFORMATIC MODULES

Module	Core Methods & Metrics	Key Outputs
Data QC	PE reads merged by overlap; sequences are quality-controlled, filtered and demultiplexed before clustering/denoising and taxonomic analysis	Filtering statistics table, base-quality distribution plots
OTU Clustering	Non-redundant sequences extracted and singletons removed; OTUs clustered at 97% similarity with chimera removal during clustering	OTU abundance table, annotated OTU table, taxon statistics table
Taxonomy Annotation	Taxonomic annotation with the RDP classifier Bayesian algorithm; Silva 138 (16S/18S) and Unite 7.0 (ITS) reference databases; composition statistics across 7 ranks (domain/kingdom/phylum/class/order/family/genus/species)	Absolute / relative abundance tables at each taxonomic rank
Composition	Shared and unique OTU statistics between groups; community bar plots at each taxonomic level; abundance heatmap with two-way clustering of taxa and samples	Venn diagram, community bar plots, heatmap
Alpha Diversity	Richness (Chao1/Ace), diversity (Shannon/Simpson), evenness (Pielou), phylogenetic diversity (PD) and coverage; rarefaction, Shannon-Wiener and rank-abundance curves	Three curve plots, intergroup boxplots of indices and test tables
Beta Diversity	Inter-sample distance matrices (Bray-Curtis / Jaccard / UniFrac); UPGMA hierarchical clustering; PCA / PCoA / NMDS ordination; ANOSIM / adonis intergroup tests	Distance-matrix heatmap, clustering tree, PCA / PCoA / NMDS plots
Differential Taxa Analysis	LEfSe linear discriminant analysis effect size (LDA scores); Wilcoxon rank-sum test for two groups and Kruskal test for multiple groups to identify significantly enriched taxa	LEfSe cladogram, LDA bar chart, differential test tables
Functional Prediction	PICRUSt2 prediction of functional abundance from marker genes (KEGG orthologs KO, EC classes); PCoA of functional units; LEfSe and MetagenomeSeq differential analysis of KEGG / MetaCyc pathways	Functional abundance tables, functional PCoA plot, pathway LEfSe plots

결과 예시

SELECTED FIGURES FROM ACTUAL REPORTS

공통 / 고유 OTU 벤 다이어그램

KO / OE / WT 그룹 간 공통 및 고유 OTU로, 중첩 영역의 숫자는 공통 특징을 의미합니다.

Community Composition Bar Plot (Genus Level)

군집 조성 막대 그래프(속 수준)

시료별 속 수준 상대 풍부도로, 저풍부도 분류군은 'other'로 묶어 표시합니다.

분류군 풍부도 히트맵(속 수준)

상위 속의 시료별 풍부도 분포로, 분류군과 시료를 양방향 계층적 클러스터링합니다.

희박화 곡선

관찰 분류군 수와 무작위 추출 서열 수의 관계로, 시퀀싱 깊이의 충분성을 평가합니다.

Shannon-Wiener 곡선

시퀀싱 깊이 증가에 따른 Shannon 다양성 지수로, 평탄부에 도달하면 데이터량이 충분함을 의미합니다.

알파 다양성 그룹 간 박스플롯

그룹 간 Ace 풍부도 지수의 분포와 유의성 검정으로, 유의성 마커를 표시합니다.

PCA(OTU 수준)

군집 구조 차이의 주성분 점수 플롯으로, R²와 검정 p값을 주석으로 표기합니다.

PCoA(Bray-Curtis)

거리 행렬에 대한 주좌표 분석으로, 신뢰 타원은 그룹 간 구조 차이를 보여줍니다.

LEfSe 분지도

그룹 간 유의하게 다른 분류군의 계통 분포로, 색상은 농축된 그룹을 나타냅니다.

적용 분야

APPLICATIONS

장내 미생물총 프로파일링환경 미생물 다양성발효 마이크로바이옴 모니터링식물 근권 마이크로바이옴마이크로바이옴-대사체 통합 분석

FAQ

How long does a Amplicon Sequencing project take?

From sample QC approval, standard timelines are 3-6 weeks (library prep, sequencing and bioinformatics included); large cohorts or deep custom analyses follow the confirmed study plan.

What if my samples fail QC?

Failed QC is reported immediately with reasons, and we discuss resampling or plan adjustments with you — sequencing never proceeds without qualification.

What bioinformatics is included? Can I add custom analyses?

Standard delivery covers QC, mapping/assembly, quantification, differential and functional enrichment analyses. Custom deep-dive and multi-omics integrative analyses are supported on request.

What samples do you need for Amplicon Sequencing?

Total RNA ≥1 μg with RIN ≥7 (snap-frozen, dry ice); microbial and faecal samples ≥200 mg (sterile, −80 °C); whole blood for WGS ≥500 μL (EDTA only, never heparin). RNA integrity matters more than concentration. See Technical Resources → Sample Guide.