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title: "工具与资源"
lang: zh
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canonical: https://www.gereallife.com/zh/services/resources-tools.html
entity: Shanghai Gereallife Biotech Co., Ltd
updated: 2026-11-02
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本文要点 
 
- MetaboAnalyst 在线代谢组学数据分析平台，支持统计分析和通路富集
- Galaxy 开源 Web 平台，支持多种组学分析工作流
- OmicsHub Gereallife 自研云平台，交互式多组学分析报告 
 
 
 

## 01公共数据库

 

| 数据库 | 类型 | 内容描述 | 网址 |
| --- | --- | --- | --- |
| HMDB | 代谢组学 | 人类代谢组数据库，含 22万+代谢物信息 | hmdb.ca |
| KEGG | 通路数据库 | 代谢通路、信号通路、疾病通路 | genome.jp/kegg |
| UniProt | 蛋白质数据库 | 蛋白序列、功能、修饰信息 | uniprot.org |
| MetaboLights | 代谢组学 | 代谢组学原始数据与元数据存储库 | ebi.ac.uk/metabolights |
| PRIDE | 蛋白质组学 | 蛋白质组学质谱数据存储库 | ebi.ac.uk/pride |
| GEO / SRA | 转录组/基因组 | 基因表达与测序数据公共存储库 | ncbi.nlm.nih.gov/geo |
| STRING | 蛋白互作 | 蛋白-蛋白互作网络数据库 | string-db.org |
| Reactome | 通路数据库 | 人工注释的生物通路数据库 | reactome.org |

 
 
 
 

## 02分析软件

 

### 综合平台

 
- MetaboAnalyst 在线代谢组学数据分析平台，支持统计分析和通路富集
- Galaxy 开源 Web 平台，支持多种组学分析工作流
- OmicsHub Gereallife 自研云平台，交互式多组学分析报告 

### R/Bioconductor 包

 
- edgeR / DESeq2 转录组差异表达分析标准工具
- limma 芯片与 RNA-seq 线性模型差异分析
- clusterProfiler GO/KEGG 富集分析与可视化 

### 多组学整合工具

 
- mixOmics / DIABLO 多组学整合与分类模型构建
- MOFA2 多模态因子分析，挖掘共变异模式
- WGCNA 加权基因共表达网络分析 
 
 
 

## 03在线分析平台

 

### Galaxy EU

欧洲 Galaxy 主站，集成 8000+ 生信分析工具，支持拖拽式工作流构建。

### MetaboAnalyst

代谢组学一站式在线分析，涵盖数据处理、统计检验、通路富集与可视化。

### iDEP

转录组交互式数据分析平台，点击即可完成差异分析、聚类与富集。

 
 
 

## 04学习资源

 

### 入门教程

Bioconductor 官方教程、Galaxy Training Network、Coursera 生物信息学专项课程

### 参考书籍

《Bioinformatics Data Skills》、《Modern Statistics for Modern Biology》、《Computational Genomics with R》

### 期刊资源

Nature Methods、Bioinformatics、Nucleic Acids Research、Briefings in Bioinformatics

### 开源社区

Biostars 问答社区、SEQanswers 论坛、GitHub 开源项目

 
 
 

## 05分析报告模板

 

### 转录组标准报告

QC报告 差异基因列表 火山图 热图 GO/KEGG富集

### 蛋白质组标准报告

鉴定统计 差异蛋白列表 火山图 PPI网络 功能注释

### 代谢组标准报告

代谢物鉴定 差异代谢物 PLS-DA得分图 通路气泡图

### 多组学整合报告

跨组学相关分析 DIABLO模型 整合网络 生物学解读

 
 
 

## Q&A常见问题

 不会写代码，能靠拖拽把 RNA-seq 流程跑起来吗？ 可以看 Galaxy，它是开源 Web 平台，支持多种组学分析工作流；Galaxy EU 是欧洲主站，集成 8000+ 生信分析工具，支持拖拽式工作流构建。 
 想确认一个代谢物属于哪条通路，该去哪个库查？ KEGG 是通路数据库，收录代谢通路、信号通路和疾病通路；如果更看重人工注释，Reactome 是人工注释的生物通路数据库。 
 差异基因跑出来以后，做 GO/KEGG 富集用什么工具？ R 里常用 clusterProfiler 做 GO/KEGG 富集分析与可视化；上游的转录组差异表达分析标准工具是 edgeR / DESeq2。 
 手上同时有代谢组和蛋白组，想把两组数据放在一起建模，用什么？ mixOmics / DIABLO 用于多组学整合与分类模型构建；只想看共变异模式的话，MOFA2 做多模态因子分析。 
 
 
 
 
 
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