--- title: "宏基因组测序" lang: zh url: https://www.gereallife.com/zh/services/metagenomics.html canonical: https://www.gereallife.com/zh/services/metagenomics.html entity: Shanghai Gereallife Biotech Co., Ltd updated: 2026-11-02 --- METAGENOMICS # 宏基因组测序 Shotgun Metagenomics — Species & Functional Gene Profiling 宏基因组测序（Shotgun Metagenomics）不依赖扩增与分离培养，对环境样本中的全部 DNA 进行随机测序，一次实验即可同步获得微生物物种组成与功能基因信息；数据经序列组装、基因预测与非冗余基因集构建完成物种与功能注释（GO / KEGG / COG / CAZy / CARD），进而开展群落组成、多样性与差异分析。 6 G 测序数据量 SEQUENCING DATA 5 个功能数据库注释 FUNCTIONAL DATABASES 8 个分析模块 ANALYSIS MODULES ## 技术参数 TECHNICAL SPECIFICATIONS | 项目 | 内容 | | --- | --- | | 测序数据量 | 6 G / 10G | | 序列组装 | MEGAHIT（succinct de Bruijn graph）拼接获得 contigs，统计 N50、contig 数量与长度分布 | | 基因预测 | Prodigal 预测原核与宏基因组开放阅读框，输出基因序列、蛋白序列与 GFF 文件 | | 非冗余基因集 | MMseqs2 cluster 按相似度 95%、对齐区域覆盖度 90% 去冗余；Bowtie2 比对统计基因丰度 | | 物种与功能注释 | DIAMOND 比对 NCBI-NR 获得物种注释；GO、KEGG、COG、CAZy、CARD 五库功能注释（含抗生素抗性 ARO） | ## 分析流程 ANALYSIS WORKFLOW 1 数据质控 原始数据 · 优化数据 2 序列组装 MEGAHIT · contigs 3 基因预测 Prodigal · ORF 4 基因集构建 MMseqs2 · Bowtie2 5 功能注释 NR / KEGG / CAZy 6 组成分析 Venn · Bar · 热图 7 多样性分析 Alpha · Beta 8 差异分析 LEfSe · 秩和检验 ## 生信分析内容 BIOINFORMATIC MODULES | 分析模块 | 核心方法与指标 | 主要产出图表 | | --- | --- | --- | | 测序数据统计 | 原始数据 fastq（R1 / R2）统计数据量、reads 数、碱基数与 Q20 / Q30、GC 含量；剪切 adapter 与质量过滤后统计碱基保有率 | 原始数据与优化数据统计表、碱基质量与含量分布图 | | 序列组装 | MEGAHIT（succinct de Bruijn graph）对各样本有效序列拼接获得 contigs，统计 N50、contig 数量与长度分布 | 组装结果统计表、长度分布图 | | 基因预测 | Prodigal 预测原核与宏基因组开放阅读框，识别编码区域，输出基因序列、蛋白序列与 GFF 文件 | 基因序列文件、蛋白序列文件、GFF | | 非冗余基因集 | MMseqs2 cluster 按相似度 95%、对齐区域覆盖度 90% 去冗余；Bowtie2 将各样本有效序列比对至基因集统计基因丰度 | 非冗余基因集、基因丰度表 | | 物种与功能注释 | DIAMOND 比对 NCBI-NR 获得物种注释并在域—种层级计算丰度；GO、KEGG、COG、CAZy、CARD 五库功能注释（含抗生素抗性 ARO） | 注释汇总表、各数据库层级丰度表 | | 组成分析 | 物种（Species / Genus / Family 等）与功能（KO / COG / CAZy / ARO / GO / Pathway）层级的 Venn、群落 Bar 图与丰度 Heatmap | Venn 图、群落 Bar 图、Heatmap 图 | | 多样性分析 | Alpha 多样性指数与组间差异箱线图；Beta 多样性的样本间距离矩阵、层次聚类、PCA / PCoA / NMDS 排序与 ANOSIM 组间检验 | 指数箱线图、PCA / PCoA / NMDS 图、ANOSIM 图 | | 差异分析 | 物种与功能层级的 LEfSe 线性判别分析（LDA）；组间 Wilcoxon 秩和检验筛选差异物种与差异功能单元 | LEfSe 图、LDA 条形图、差异检验表 | ## 示例结果图 SELECTED FIGURES FROM ACTUAL REPORTS Contig 长度分布 各样本组装 contigs 的序列长度区间分布，N50 等组装指标同步统计。 KEGG 功能注释统计 KEGG 二级通路层级的基因数统计，按代谢、遗传信息处理等大类着色。 CAZy 碳水化合物活性酶注释 六大蛋白功能模块（GH / GT / PL / CE / AA / CBM）基因数统计。 组间共有 / 特有物种韦恩图 Treat 与 Con 两组共有与特有物种统计。 物种组成柱状图（属水平） 各样本属水平物种相对丰度组成，直观呈现组间物种结构差异。 物种丰度热图（节选） Top 物种在各样本中的丰度分布与层次聚类，节选部分物种展示。 PCA 分析（物种） 主成分得分图展示样本间物种组成差异与组内聚集程度。 PCoA 分析（物种，Bray-Curtis） 基于物种距离矩阵的主坐标分析，置信椭圆展示分组结构。 LEfSe 分析 LDA 条形图（节选） 组间显著差异物种及其 LDA 得分，颜色区分组别，节选 Top 条目。 ## 应用场景 APPLICATIONS 菌群功能潜能挖掘 新基因与代谢通路发现 抗性基因与环境监测 宿主-微生物互作 宏基因组组装基因组 ## 常见问题 FAQ 宏基因组测序项目周期多久？ 自样本质检合格起，常规周期为 3–6 周（含建库、测序与生信分析）；样本量大或深度定制分析的项目以方案确认为准。 样本质量不合格怎么办？ 样本质检不合格会第一时间出具质检报告并说明原因，与您协商重新送样或调整方案，不会强行上机。 生信分析包含哪些内容？可以追加个性化分析吗？ 标准交付已覆盖质控、比对 / 组装、定量、差异与功能富集等核心模块；在此基础上支持个性化深度分析与多组学联合分析，按需求评估报价。 宏基因组测序对样本有什么要求？ 总 RNA ≥1 μg 且 RIN ≥7（液氮速冻、干冰运输）；微生物与粪便样本 ≥200 mg（无菌采集、−80 ℃）；全血 WGS ≥500 μL（EDTA 抗凝，禁用肝素）。RNA 完整性优先于浓度。详见 《 技术资源 → 样本相关 》 。 ## 相关服务 RELATED SERVICES ### 真核转录组测序 Eukaryotic RNA-seq ### 16S/18S/ITS扩增子测序 Amplicon Sequencing ### 全基因组测序 Whole Genome Sequencing ## 获取方案与报价 填写需求，1 个工作日内回复（免费方案评估） 称呼 单位 手机或微信 需求方向 样本类型、数量与检测目标（可选） 提交需求 仅用于本次咨询，不会对外共享。 ## 开启您的多组学研究 免费方案设计 · 实验全程互动 · 数据深度解读 服务热线 / HOTLINE 400-660-8826 商务邮箱 / EMAIL market@gereallife.com 官方渠道 OFFICIAL CHANNELS 微信公众号 WECHAT OFFICIAL ACCOUNT 客服微信 CUSTOMER SERVICE 小红书 XIAOHONGSHU 电话咨询： 400-660-8826 微信扫码咨询