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title: "16S/18S/ITS扩增子测序"
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entity: Shanghai Gereallife Biotech Co., Ltd
updated: 2026-11-02
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16S AMPLICON SEQUENCING 
 

# 16S/18S/ITS扩增子测序

 

16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing — Microbial Diversity & Community Profiling

 

扩增子测序选取微生物标记基因的特定区段——16S rRNA（细菌 / 古菌）、18S（真核微生物）、ITS（真菌）——进行高通量测序，无需分离培养即可刻画样本的微生物群落结构；数据经质控、OTU 聚类与物种注释后，开展群落组成、Alpha / Beta 多样性与组间差异分析，并支持 PICRUSt2 功能预测。

 
 
 PE250 Illumina MiSeq 双端测序 PAIRED-END 250 bp 5 万条 reads / 样本 READS PER SAMPLE 8 个分析模块 ANALYSIS MODULES 

## 技术参数

 TECHNICAL SPECIFICATIONS 

| 项目 | 内容 |
| --- | --- |
| 测序平台 | Illumina MiSeq PE250（16S / 18S / ITS） |
| 分析策略 | OTU / ASV 分析，5 万条 reads / 样本 |
| 物种注释库 | RDP classifier 贝叶斯算法；参考库 Silva 138（16S / 18S）、Unite 7.0（ITS）；域—种 7 级群落组成统计 |
| 功能预测 | PICRUSt2 由标记基因预测功能丰度（KEGG 同源基因 KO、EC 酶分类） |
| 常规交付 | 原始数据 + 分析报告 |

 
 

## 分析流程

 ANALYSIS WORKFLOW 1 数据质控 PE 拼接 · 过滤 2 OTU 聚类 去冗余 · 去嵌合体 3 物种注释 RDP · Silva 138 4 物种组成 Venn · Bar · 热图 5 Alpha 多样性 稀释曲线 · 指数 6 Beta 多样性 PCoA · NMDS 7 物种差异 LEfSe · 秩和检验 8 功能预测 PICRUSt2 · KEGG 
 

## 生信分析内容

 BIOINFORMATIC MODULES 

| 分析模块 | 核心方法与指标 | 主要产出图表 |
| --- | --- | --- |
| 数据质控 | PE reads 按 overlap 关系拼接；序列质控与过滤后区分样本，进入聚类 / 去噪与物种分类学分析 | 数据过滤统计表、碱基质量分布图 |
| OTU 聚类 | 提取非重复序列并去除单序列；按 97% 相似度聚类 OTU，聚类过程中去除嵌合体 | OTU 丰度表、带注释 OTU 表、分类单元统计表 |
| 物种注释 | RDP classifier 贝叶斯算法分类学注释；参考库 Silva 138（16S / 18S）、Unite 7.0（ITS）；域 / 界 / 门 / 纲 / 目 / 科 / 属 / 种 7 级群落组成统计 | 各分类层级绝对 / 相对丰度表 |
| 物种组成 | 组间共有与特有 OTU 统计；各分类水平群落 Bar 图；丰度 Heatmap 并对物种与样本双向聚类 | Venn 图、群落 Bar 图、Heatmap 图 |
| Alpha 多样性 | 丰富度 Chao1 / Ace，多样性 Shannon / Simpson，均匀度 Pielou，系统发育 PD，测序深度 Coverage；稀释曲线、Shannon-Wiener 曲线、Rank-abundance 曲线 | 三条曲线图、指数组间箱线图与检验表 |
| Beta 多样性 | 样本间距离矩阵（Bray-Curtis / Jaccard / Unifrac）；层次聚类 UPGMA；PCA / PCoA / NMDS 排序；ANOSIM / adonis 组间差异检验 | 距离矩阵热图、聚类树、PCA / PCoA / NMDS 图 |
| 物种差异分析 | LEfSe 线性判别效应大小分析（LDA 值）；两组 Wilcoxon 秩和检验、多组 Kruskal 检验，筛数组间显著富集物种 | LEfSe 分支图、LDA 条形图、差异检验表 |
| 功能预测 | PICRUSt2 由标记基因预测功能丰度（KEGG 同源基因 KO、EC 酶分类）；功能单元 PCoA；KEGG / MetaCyc 通路 LEfSe 与 MetagenomeSeq 差异分析 | 功能丰度表、功能 PCoA 图、通路 LEfSe 图 |

 
 

## 示例结果图

 SELECTED FIGURES FROM ACTUAL REPORTS 组间共有 / 特有 OTU 韦恩图 KO / OE / WT 三组共有与特有 OTU 统计，重叠区域数字为共有特征数。 群落组成柱状图（属水平） 各样本在属水平的物种相对丰度组成，低丰度物种合并为 other。 物种丰度热图（属水平） Top 属在各样本中的丰度分布，含物种与样本双向层次聚类。 稀释曲线（Rarefaction） 随机抽样序列数与观测分类单元数关系，评估测序深度是否充分。 Shannon-Wiener 曲线 不同测序深度下的 Shannon 多样性指数，曲线趋于平坦表明数据量足够。 Alpha 多样性组间箱线图 Ace 丰富度指数在组间的分布与差异检验，含显著性标记。 PCA 分析（OTU） 主成分得分图展示样本间群落结构差异，标注 R2 与检验 p 值。 PCoA 分析（Bray-Curtis） 基于距离矩阵的主坐标分析，置信椭圆展示组间结构差异。 LEfSe 分析环状树图 组间显著差异物种在分类层级上的分布，颜色标识所属组别。 
 

## 应用场景

 APPLICATIONS 
 肠道菌群结构分析 环境微生物多样性 发酵过程菌群监测 植物根际微生物研究 菌群-代谢联合分析 
 

## 常见问题

 FAQ 
 16S/18S/ITS扩增子测序项目周期多久？ 自样本质检合格起，常规周期为 3–6 周（含建库、测序与生信分析）；样本量大或深度定制分析的项目以方案确认为准。 样本质量不合格怎么办？ 样本质检不合格会第一时间出具质检报告并说明原因，与您协商重新送样或调整方案，不会强行上机。 生信分析包含哪些内容？可以追加个性化分析吗？ 标准交付已覆盖质控、比对 / 组装、定量、差异与功能富集等核心模块；在此基础上支持个性化深度分析与多组学联合分析，按需求评估报价。 16S/18S/ITS扩增子测序对样本有什么要求？ 总 RNA ≥1 μg 且 RIN ≥7（液氮速冻、干冰运输）；微生物与粪便样本 ≥200 mg（无菌采集、−80 ℃）；全血 WGS ≥500 μL（EDTA 抗凝，禁用肝素）。RNA 完整性优先于浓度。详见 《 技术资源 → 样本相关 》 。 
 
 

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