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title: "Eukaryotic RNA-seq"
lang: ko
url: https://www.gereallife.com/ko/services/rna-seq.html
canonical: https://www.gereallife.com/ko/services/rna-seq.html
entity: Shanghai Gereallife Biotech Co., Ltd
updated: 2026-11-02
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# 진핵 전사체 시퀀싱

 

Eukaryotic RNA-seq

 
 
 
 Oligo(dT) mRNA 농축 및 라이브러리 제작 mRNA ENRICHMENT STAR 참조 유전체 정렬 REFERENCE ALIGNMENT 8 분석 모듈 ANALYSIS MODULES 

## 기술 사양

 TECHNICAL SPECIFICATIONS 

| Item | Details |
| --- | --- |
| Library Prep | Oligo(dT) bead-based mRNA enrichment |
| Read Alignment | STAR aligns cleaned reads to the reference genome; sequencing and library quality assessed by mapping rate, insert size and coverage uniformity |
| Quantification | Gene/transcript quantification against the annotation, outputting Count, FPKM, TPM and log2TPM |
| DE Thresholds | Read-count normalization (depth correction) → statistical modeling for P values → BH adjustment (padj); default |log2(FoldChange)| > 1 and padj < 0.05 |
| Standard Delivery | Raw data + analysis report |

 
 

## 분석 프로세스

 ANALYSIS WORKFLOW 1 데이터 QC 어댑터 트리밍 · rRNA 평가 2 리드 정렬 STAR · 참조 유전체 3 정량 Count / FPKM / TPM 4 발현 QC 상관성 · PCA 5 차등 분석 볼케이노 · 클러스터링 6 GO 농축 BP / CC / MF 7 KEGG 농축 경로 · 버블 플롯 8 GSEA GO / KEGG 유전자 세트 
 

## 생물정보 분석

 BIOINFORMATIC MODULES 

| Module | Core Methods & Metrics | Key Outputs |
| --- | --- | --- |
| Sequencing Statistics | Base-quality and content distributions of raw fastq (R1/R2); 3′/5′ adapter trimming; filtering reads with mean quality < 20 or length < 50 bp and reads containing N; rRNA contamination rate assessment | Raw and cleaned data statistics tables, base-quality and content distribution plots |
| Alignment QC | STAR aligns cleaned reads to the reference genome; sequencing and library quality assessed at checkpoints including mapping rate, insert size and coverage uniformity | Mapping-rate statistics tables, per-sample alignment detail plots |
| mRNA Quantification | Gene/transcript quantification against the annotation with Count, FPKM, TPM and log2TPM outputs; Top-10 highly expressed transcripts summarized | Expression matrices, Top-10 expression tables |
| Expression Distribution & QC | Expression density distributions; per-sample violin/box plots; inter-sample Pearson correlation heatmaps (ideal within-group R² > 0.9) and PCA | Density plots, violin/box plots, correlation heatmaps, PCA plots |
| Differential Analysis | Read-count normalization (depth correction) → statistical modeling for P values → BH multiple-testing adjustment (padj); default |log2(FoldChange)| > 1 and padj < 0.05 | Differential analysis result tables, volcano plots |
| DE Patterns | Expression-pattern clustering of differential genes; shared and unique DEG statistics across multiple comparisons | Pattern-clustering heatmaps, shared-DEG diagrams |
| GO Functional Enrichment | GO enrichment of DEGs (BP / CC / MF), reporting GeneRatio / BgRatio, enrichment factor and adjusted p-values | GO enrichment bubble and bar plots |
| KEGG & GSEA | KEGG pathway enrichment of DEGs; GSEA based on GO and KEGG gene sets, reporting ES, NES and adjusted p-values | KEGG enrichment plots, GSEA enrichment plots and dot plots |

 
 

## 결과 예시

 SELECTED FIGURES FROM ACTUAL REPORTS 유전자 발현 밀도 시료별 log2(TPM) 밀도 곡선으로, 발현 분포의 일관성을 평가합니다. 발현 바이올린 / 박스 플롯 시료별 유전자 발현값의 분포와 확률 밀도를 보여주며, 박스는 중앙값과 사분위수를 나타냅니다. 시료 간 상관 히트맵 시료 간 쌍별 피어슨 상관과 계층적 클러스터링으로, 생물학적 반복의 일관성을 평가합니다. 시료 간 PCA 차원 축소 후의 시료 분포로, 그룹 간 분리와 그룹 내 클러스터링을 보여줍니다. 차등 발현 볼케이노 플롯 log2(FoldChange)와 −log10(P)의 이중 임계값으로 상향·하향 조절 유전자를 표시하고, 주요 유전자를 라벨링합니다. DEG 발현 패턴 클러스터링 시료 간 DEG의 발현 패턴(log10 TPM)으로, 유전자와 시료를 양방향 클러스터링합니다. GO 기능 농축(발췌) DEG에 대한 GO 용어(BP / CC / MF) 농축 결과와 유의성으로, 상위 용어를 표시합니다. GO 기반 GSEA 농축 플롯 농축 점수 곡선과 순위 유전자 위치를 표시하고, NES 및 보정 p값을 주석으로 표기합니다. KEGG 기반 GSEA 도트 플롯 KEGG 경로 농축의 유전자 비율과 유의성으로, 점 크기는 농축 유전자 수를 나타냅니다. 
 

## FAQ

 FAQ 
 How long does a Eukaryotic RNA-seq project take? From sample QC approval, standard timelines are 3-6 weeks (library prep, sequencing and bioinformatics included); large cohorts or deep custom analyses follow the confirmed study plan. What if my samples fail QC? Failed QC is reported immediately with reasons, and we discuss resampling or plan adjustments with you — sequencing never proceeds without qualification. What bioinformatics is included? Can I add custom analyses? Standard delivery covers QC, mapping/assembly, quantification, differential and functional enrichment analyses. Custom deep-dive and multi-omics integrative analyses are supported on request. What samples do you need for Eukaryotic RNA-seq? Total RNA ≥1 μg with RIN ≥7 (snap-frozen, dry ice); microbial and faecal samples ≥200 mg (sterile, −80 °C); whole blood for WGS ≥500 μL (EDTA only, never heparin). RNA integrity matters more than concentration. See Technical Resources → Sample Guide . 
 
 

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