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title: "Amplicon Sequencing"
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entity: Shanghai Gereallife Biotech Co., Ltd
updated: 2026-11-02
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# 16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱

 

Amplicon Sequencing

 
 
 
 PE250 Illumina MiSeq 페어엔드 PAIRED-END 250 bp 50,000 reads / 시료 READS PER SAMPLE 8 분석 모듈 ANALYSIS MODULES 

## 기술 사양

 TECHNICAL SPECIFICATIONS 

| Item | Details |
| --- | --- |
| Sequencing Platform | Illumina MiSeq PE250（16S / 18S / ITS） |
| Analysis Strategy | OTU / ASV analysis, 50,000 reads per sample |
| Taxonomy Databases | RDP classifier Bayesian algorithm; reference databases Silva 138 (16S/18S) and Unite 7.0 (ITS); community composition statistics across 7 ranks (domain to species) |
| Functional Prediction | PICRUSt2 predicts functional abundance from marker genes (KEGG orthologs KO, EC enzyme classes) |
| Standard Delivery | Raw data + analysis report |

 
 

## 분석 프로세스

 ANALYSIS WORKFLOW 1 데이터 QC PE 병합 · 필터링 2 OTU 클러스터링 중복 제거 · 키메라 제거 3 분류학적 주석 RDP · Silva 138 4 조성 분석 벤 · 막대 · 히트맵 5 알파 다양성 희박화 · 지수 6 베타 다양성 PCoA · NMDS 7 차등 분류군 LEfSe · 순위합 검정 8 기능 예측 PICRUSt2 · KEGG 
 

## 생물정보 분석

 BIOINFORMATIC MODULES 

| Module | Core Methods & Metrics | Key Outputs |
| --- | --- | --- |
| Data QC | PE reads merged by overlap; sequences are quality-controlled, filtered and demultiplexed before clustering/denoising and taxonomic analysis | Filtering statistics table, base-quality distribution plots |
| OTU Clustering | Non-redundant sequences extracted and singletons removed; OTUs clustered at 97% similarity with chimera removal during clustering | OTU abundance table, annotated OTU table, taxon statistics table |
| Taxonomy Annotation | Taxonomic annotation with the RDP classifier Bayesian algorithm; Silva 138 (16S/18S) and Unite 7.0 (ITS) reference databases; composition statistics across 7 ranks (domain/kingdom/phylum/class/order/family/genus/species) | Absolute / relative abundance tables at each taxonomic rank |
| Composition | Shared and unique OTU statistics between groups; community bar plots at each taxonomic level; abundance heatmap with two-way clustering of taxa and samples | Venn diagram, community bar plots, heatmap |
| Alpha Diversity | Richness (Chao1/Ace), diversity (Shannon/Simpson), evenness (Pielou), phylogenetic diversity (PD) and coverage; rarefaction, Shannon-Wiener and rank-abundance curves | Three curve plots, intergroup boxplots of indices and test tables |
| Beta Diversity | Inter-sample distance matrices (Bray-Curtis / Jaccard / UniFrac); UPGMA hierarchical clustering; PCA / PCoA / NMDS ordination; ANOSIM / adonis intergroup tests | Distance-matrix heatmap, clustering tree, PCA / PCoA / NMDS plots |
| Differential Taxa Analysis | LEfSe linear discriminant analysis effect size (LDA scores); Wilcoxon rank-sum test for two groups and Kruskal test for multiple groups to identify significantly enriched taxa | LEfSe cladogram, LDA bar chart, differential test tables |
| Functional Prediction | PICRUSt2 prediction of functional abundance from marker genes (KEGG orthologs KO, EC classes); PCoA of functional units; LEfSe and MetagenomeSeq differential analysis of KEGG / MetaCyc pathways | Functional abundance tables, functional PCoA plot, pathway LEfSe plots |

 
 

## 결과 예시

 SELECTED FIGURES FROM ACTUAL REPORTS 공통 / 고유 OTU 벤 다이어그램 KO / OE / WT 그룹 간 공통 및 고유 OTU로, 중첩 영역의 숫자는 공통 특징을 의미합니다. 군집 조성 막대 그래프(속 수준) 시료별 속 수준 상대 풍부도로, 저풍부도 분류군은 'other'로 묶어 표시합니다. 분류군 풍부도 히트맵(속 수준) 상위 속의 시료별 풍부도 분포로, 분류군과 시료를 양방향 계층적 클러스터링합니다. 희박화 곡선 관찰 분류군 수와 무작위 추출 서열 수의 관계로, 시퀀싱 깊이의 충분성을 평가합니다. Shannon-Wiener 곡선 시퀀싱 깊이 증가에 따른 Shannon 다양성 지수로, 평탄부에 도달하면 데이터량이 충분함을 의미합니다. 알파 다양성 그룹 간 박스플롯 그룹 간 Ace 풍부도 지수의 분포와 유의성 검정으로, 유의성 마커를 표시합니다. PCA(OTU 수준) 군집 구조 차이의 주성분 점수 플롯으로, R²와 검정 p값을 주석으로 표기합니다. PCoA(Bray-Curtis) 거리 행렬에 대한 주좌표 분석으로, 신뢰 타원은 그룹 간 구조 차이를 보여줍니다. LEfSe 분지도 그룹 간 유의하게 다른 분류군의 계통 분포로, 색상은 농축된 그룹을 나타냅니다. 
 

## 적용 분야

 APPLICATIONS 
 장내 미생물총 프로파일링 환경 미생물 다양성 발효 마이크로바이옴 모니터링 식물 근권 마이크로바이옴 마이크로바이옴-대사체 통합 분석 
 

## FAQ

 FAQ 
 How long does a Amplicon Sequencing project take? From sample QC approval, standard timelines are 3-6 weeks (library prep, sequencing and bioinformatics included); large cohorts or deep custom analyses follow the confirmed study plan. What if my samples fail QC? Failed QC is reported immediately with reasons, and we discuss resampling or plan adjustments with you — sequencing never proceeds without qualification. What bioinformatics is included? Can I add custom analyses? Standard delivery covers QC, mapping/assembly, quantification, differential and functional enrichment analyses. Custom deep-dive and multi-omics integrative analyses are supported on request. What samples do you need for Amplicon Sequencing? Total RNA ≥1 μg with RIN ≥7 (snap-frozen, dry ice); microbial and faecal samples ≥200 mg (sterile, −80 °C); whole blood for WGS ≥500 μL (EDTA only, never heparin). RNA integrity matters more than concentration. See Technical Resources → Sample Guide . 
 
 

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